2011年1月27日夜、上杉隆は有志とともに「フェアな報道の場を提供するための非営利団体『自由報道協会』（仮称）」の設立を宣言した（本人執筆記事による）。同日、第1回の主催会見として小沢一郎の記者会見を開催。設立時の名称は「自由報道協会（仮）」で、同年4月に「自由報道協会」へ変更、同年11月11日に一般社団法人化、2012年10月1日に公益社団法人となった。（出典：上杉隆執筆、ダイヤモンド・オンライン2011年1月27日／Wikipedia「自由報道協会」）

同年3月11日の東日本大震災・福島第一原発事故後、上杉は東電会見への出席と情報開示の追及を続けた。本人執筆記事（ダイヤモンド・オンライン2011年3月31日）では、福島第一原発敷地内土壌からのプルトニウム検出について東電発表値を引きつつ、欧米メディアと国内大手メディアの報道の扱いの差を記述している。ジャーナリスト保護委員会（CPJ）の2011年4月14日付記事によれば、上杉は同年3月15日のTBSラジオの週間ゲスト枠で東電を強く批判した後、番組出演を求められなくなったとされる。また3月11日以降、インターネットと外国メディアが公式記者会見から除外されていると指摘した、との記述がある。（出典：上杉隆執筆、ダイヤモンド・オンライン2011年3月31日／CPJ 2011年4月14日、報道）

自由報道協会は岩上安身、津田大介、神保哲生、江川紹子ら25人のジャーナリストが会員として参加し、書籍『自由報道協会が追った3.11』（扶桑社、2011年10月）を刊行した。主催会見の登壇者には小沢一郎のほか、ダライ・ラマ14世、鳩山由紀夫元首相、菅直人首相、孫正義らが名を連ねた。上杉は2013年5月17日、代表辞任を発表し、翌18日に事務局長に就任している。（出典：扶桑社書誌／Wikipedia「自由報道協会」（英語版含む）／J-CAST 2013年5月17日、報道）